子公司员工工资支付可能存在以下法律风险点：
1. 总公司被认定为共同用人单位的风险：例如，子公司员工的劳动合同由总公司签订、工资由总公司账户按月发放且无代发协议，员工主张与总公司存在劳动关系，要求总公司支付拖欠工资及经济补偿金，此时总公司可能因证据不足承担支付责任。
2. 子公司法人人格否认风险：若总公司过度控制子公司，如将子公司资金转移至总公司账户，导致子公司无法支付员工工资，员工可能主张法人人格否认，要求总公司对子公司的工资债务承担连带责任。
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针对子公司员工工资支付主体的问题，可依据《公司法》《劳动合同法》的相关规定进行法律分析：
《中华人民共和国公司法》第十四条规定：“公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。” 子公司作为独立法人，具备用人单位主体资格，应按《劳动合同法》第三十条“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬”的要求，独立支付员工工资。若子公司未独立支付，而总公司未与员工建立劳动关系，总公司无法定支付义务；但如存在混同用工（如员工工资由总公司账户直接发放且无代发协议），可能因“人格混同”被认定为共同用人单位，需承担支付责任。综上，子公司员工工资原则上由子公司支付，总公司仅在特定情形下承担责任。
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子公司员工工资支付的处理可能受以下特殊情况影响：
1. 子公司被总公司过度控制：若总公司通过任免子公司高管、控制财务等方式，使子公司丧失独立决策能力（如强制子公司将工资支付义务转嫁给总公司），可能被认定为法人人格否认，总公司需对子公司的工资债务承担连带责任。
2. 子公司破产清算：若子公司因经营不善破产，其员工工资作为破产债权优先受偿；若子公司资产不足以支付工资，员工可能主张总公司滥用控制权导致子公司破产，要求总公司补充支付工资。
3. 跨区域用工的政策差异：若子公司与总公司位于不同地区，工资支付需符合当地最低工资标准、社保缴纳等政策，若总公司统一发放工资未适配子公司所在地政策，可能引发劳动监察部门的处罚。
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关于子公司员工是否由总公司发工资，需结合子公司的法律地位及实际用工关系判断。以下为不同情况的具体说明：
子公司员工的工资支付主体并非固定由总公司承担，需根据子公司的法律地位和实际用工安排确定。
1. 若子公司是独立法人且独立用工：子公司作为独立的用人单位，应自行承担员工工资支付义务，总公司无直接支付责任。
2. 若子公司与总公司存在“混同用工”情形：如员工同时为总公司和子公司提供劳动、工资由总公司代发且未明确归属，可能认定总公司为共同支付主体。
3. 若总公司与子公司约定由总公司代发工资：需有书面协议明确代发关系，此时总公司仅为代付方，实际支付责任仍由子公司承担。

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